Comparatif des meilleurs logiciels de facturation pour TPE

Dès le 1er septembre 2026, toutes les TPE devront être en mesure de recevoir des factures électroniques via une Plateforme Agréée et d'en émettre dès septembre 2027. Le choix d'un logiciel de facturation n'est donc plus une question de confort, mais une décision stratégique à prendre dès maintenant.

Reste à trouver le bon outil parmi les dizaines disponibles sur le marché : certains sont gratuits, d'autres sont payants, certains se limitent à la facturation, d'autres intègrent comptabilité, gestion de trésorerie et CRM. Voici notre comparatif des 12 meilleurs logiciels de facturation pour TPE en 2026, avec les critères pour faire le bon choix.

Faire des factures manuellement peut vite devenir une mission chronophage entraînant des erreurs et des sanctions pouvant être lourdes de conséquences. Heureusement, 12 logiciels proposent des formules dédiées aux très petites entreprises (TPE). À savoir :

• Qonto ;
• Henrri ;
• Evoliz ;
• Cegid Business ;
• Clic facture ;
• Factomos ;
• EBP Gestion commerciale Hubbix ;
• Tiime ;
• MY.facturation ;
• Sellsy ;
• Abby ;
• Indy.

Avant de les voir dans le détail, découvrez un aperçu de ces solutions dans ce tableau récapitulatif :

Qonto est un établissement de paiement proposant un compte professionnel 100 % en ligne. 

Afin d’aider les entreprises au quotidien, notamment pour leur transition avec la mise en place de la facturation électronique, nous avons développé un logiciel de facturation gratuit .

C’est un des rares logiciels qui vous permettra de garder vos habitudes en matière de facturation puisque Qonto est immatriculée en tant que Plateforme Agréée (PA) par la DGFiP. En plus d’éditer des e-factures, elle pourra se charger de les envoyer et de les réceptionner.

Avec ou sans compte pro, cet outil vous permet de :

• créer et envoyer des devis et factures personnalisés en illimité ;
• gérer des factures dans d’autres devises ;
• centraliser au même endroit vos factures clients et vos factures fournisseurs ;
• extraire automatiquement vos données des factures ;
• gérer les notes de frais ;
• suivre en un clin d'œil vos dépenses passées et à venir, ainsi que l’évolution de votre trésorerie ;
• synchroniser tous vos compte bancaires ;
• contacter un support client disponible 24h/24 et 7j/7.

Avec la conversion des devis en factures et le catalogue intégré, vous passerez en moyenne une seule minute par facture. C’est cinq heures de moins sur la gestion de la facturation pour les dirigeants de TPE.

Henrri est un logiciel de facturation populaire auprès des indépendants et des TPE. Il propose toutes les fonctionnalités essentielles dans sa formule à 0 €, dont :

• l’émission de devis et de factures (conforme à la loi anti-fraude TVA) ;
• la gestion et le suivi des versements ;
• l’alerte des échéances des factures ;
• les relances d’impayés ;
• les règlements en ligne et par mobile ;
• l’export et un accès expert-comptable ;
• la tenue du journal des ventes ;
• la recherche de clients avec la connexion à l’INSEE.

Les e-factures, les factures de situation, les relances automatiques et les outils d’analyse ne sont disponibles que dans les forfaits payants (dès 15 € HT/mois).

De plus, Henrri n'est pas directement immatriculée PA par la DGFiP. La conformité à la facturation électronique est assurée via un partenariat avec Pennylane, qui est elle-même une Plateforme Agréée.

Simple à prendre en main et complet, Evoliz permet de créer des devis et des factures certifiés NF203, NF525 et Factur-X, des factures de situation et des retenues de garantie. Sa formule à 16 € par mois inclut également :

• le suivi et la relance des impayés ;
• l’édition du ticket Z de caisse ;
• le paiement en ligne des factures ;
• la catégorisation des ventes ;
• l’établissement d’un rapport de vente, ainsi que d’un journal de vente et de caisse ;
• le suivi des stocks ;
• la gestion de la TVA ;
• des outils de comptabilité ;
• l’export de la banque et du grand livre.

Les forfaits supérieurs proposent de nombreuses automatisations et rapports d’analyse.

Cegid Business est une solution intéressante pour les TPE en pleine croissance. Elle vous permet de :

• créer et envoyer vos devis, vos factures clients (avec lien de paiement) et vos factures d’avoir ;
• suivre vos règlements clients et fournisseurs ;
• effectuer des relances ;
• demander une avance de trésorerie ;
• visualiser sa situation à l’aide de tableaux de bord dynamiques.

L’atout de ce logiciel accessible pour 16,50 € HT par mois est qu’en présence d’une facture non conforme, l’assistant vous en avertit immédiatement. Vous évitez ainsi tous les problèmes liés.

Clic Facture est un logiciel de facturation en ligne qui a une offre à 0 € pour les TPE, mais elle est assez limitée puisqu’elle ne comprend que la réalisation de 25 documents par an.

C’est sa formule à 6,50 € TTC par mois qui commence à se révéler intéressante avec :

• la réalisation de devis et de factures de n’importe quelle forme ;
• le suivi des règlements et des achats ;
• la gestion de vos ventes e-commerce sur les marketplaces (synchronisation automatique, génération des factures, envoi automatique, comptabilisation, etc.) ;
• l’analyse de votre activité via des tableaux de bord.

Les forfaits supérieurs ont des fonctionnalités de comptabilité.

Factomos est un logiciel de facturation électronique qui s’adresse directement aux TPE.

Il propose une formule à titre gracieux qui est davantage un essai avec seulement cinq factures électroniques. Son forfait mini à 5 € HT par mois comprend quant à lui 30 factures par an, les relances automatiques et le paiement en ligne.

C’est seulement avec l’offre Express à 15,30 € HT par mois que vous pourrez éditer des factures en illimité et avoir accès à un tableau d’indicateurs et à un écosystème d’applications.

EBP est un éditeur de logiciels. Il a développé EBP Gestion commerciale ACTIV pour les TPE afin de simplifier leur gestion et booster leur productivité commerciale. Il permet de :

• créer des devis et factures conformes à la facturation électronique ;
• suivre les paiements et relancer automatiquement les clients ;
• analyser les ventes, les revenus et la rentabilité ;
• gérer les achats, les stocks et les commerciaux.

Le coût de cette solution est disponible sur devis uniquement.

Pour aller plus loin, le logiciel EBP Gestion Commerciale PRO inclut la facturation récurrente, la signature électronique des devis ou encore la création d’alertes personnalisées.

Si vous ne recherchez qu’un logiciel de facturation pour émettre des e-factures en illimité, Tiime est fait pour vous.

Son offre de base à 0 € n’a aucune limite de volume.

Pour 14,99 € HT, vous pouvez même avoir accès à :

• un compte pro ;
• des tableaux de bord et des indicateurs personnalisés ;
• la gestion des notes de frais et des indemnités kilométriques ;
• la connexion de comptes en illimité ;
• le matching automatique.

MY.facturation est un logiciel très simple avec diverses solutions tarifaires flexibles pour s’adapter à vos besoins au quotidien. Il propose notamment une formule gratuite avec :

• l’édition de devis et de factures (format Factur-X) ;
• la gestion des clients et des produits ;
• l’association des règlements.

Les forfaits supérieurs ont des outils avancés pour personnaliser vos documents, analyser vos performances et gérer vos finances.

Plus qu’un logiciel de facturation, Sellsy est une solution tout-en-un avec CRM, gestion commerciale et comptable.

L’offre Standard de Sellsy Facturation à 39 € HT par mois inclut :

• la gestion des contacts (avec récupération des données à partir de la base de l’INSEE, modèles d’e-mails et accès clients) ;
• la création et l’envoi de devis, de bons de commande et de bons de livraison ;
• l'édition et l’envoi de 100 factures par mois ;
• la constitution d’un catalogue de produits ;
• la gestion des frais de port et d’emballage ;
• le scan de vos factures fournisseurs ;
• le tracking de lecture des documents ;
• la connexion e-commerce ;
• la gestion du multi-devises et du multi-langues ;
• des outils de paiement (paiement en ligne, prélèvement automatique, page publique de paiement, gestion des acomptes, relances, échéanciers de paiement, etc.) ;
• des fonctionnalités de pré-comptabilité (journaux comptables, balance, comptabilité auxiliaire, export, accès expert-comptable et rapprochement bancaire) ;
• l’édition de rapports d’analyse ;
• de nombreuses intégrations et connexions API.

Abby est un logiciel de facturation et de comptabilité pour indépendants et TPE.

Sa formule gratuite donne accès à :

• la production de devis et de factures illimitée ;
• la facturation électronique ;
• l'estimation des cotisations URSSAF ;
• livre des recettes.

Les forfaits payants (dès 7,20 € HT/mois) ajoutent la personnalisation des documents, le paiement en ligne, les relances d'impayés et la synchronisation bancaire. Abby est une Plateforme Agréée immatriculée par la DGFiP.

Indy est un logiciel comptable avec un module de facturation intégré. Son offre Essentiel est 100 % gratuite et en ligne. Elle vous donne accès aux fonctionnalités suivantes :

• l'édition de devis et de factures illimitée avec catalogue de produits et services ;
• le suivi automatique des paiements ;
• l’acquittement des factures ;
• une base de données clients ;
• la catégorisation automatique des transactions ;
• la saisie automatique et détection de la TVA ;
• la gestion des notes de frais, des indemnités kilométriques et des règlements en espèces ;
• un tableau de bord en temps réel ;
• un compte pro (avec une carte Mastercard physique et virtuelle et les virements illimités) ;
• une application mobile.

Indy est une Plateforme Agréée immatriculée par la DGFiP. 

Le formule premium ne comporte que des outils déclaratifs en plus (fiche de paie pour dirigeant de SAS / SASU, liasse fiscale, bilan et compte de résultat, télétransmission aux impôts, etc.).

Le meilleur logiciel dépend de votre priorité principale. Voici un verdict rapide par profil :

En réalité, le choix d’un logiciel de facturation pour TPE dépend des fonctionnalités dont vous avez besoin pour la bonne gestion de votre entreprise.

La solution de facturation choisie doit couvrir et simplifier l’ensemble de votre processus de facturation. Elle peut également vous offrir des outils supplémentaires, tels qu’un logiciel comptable, un module de gestion des dépenses ou le suivi de vos flux financiers.

Par ailleurs, il est nécessaire que le logiciel s’adapte à votre secteur d’activité et à la taille de votre entreprise.

Certains outils ont été développés pour une catégorie de sociétés. Par exemple, une solution dédiée aux auto-entrepreneurs ne sera pas suffisante pour une TPE en pleine croissance.

De plus, un bon outil doit être simple à prendre en main afin de gagner du temps, notamment pour créer les factures et mettre en place les accès.

N'hésitez pas à faire un tour sur les avis des utilisateurs pour connaître leur opinion sur chaque logiciel (réactivité du service client, qualité de l'interface et des fonctionnalités, etc.).

Enfin, il faut que l’outil sélectionné rentre dans votre budget et qu’il présente un bon rapport qualité / prix.

Bonne nouvelle, Qonto vous met gratuitement à disposition son logiciel de facturation complet et intuitif.

Les informations mentionnées dans cet article sur la comparaison des logiciels de facturation ont été rassemblées après une recherche approfondie sur les sites web des fournisseurs respectifs en mai 2025 et en toute bonne foi. Qonto n'est pas responsable de l'exactitude complète de toutes les informations, car les prix et les services peuvent changer au fil du temps. Nous faisons de notre mieux pour que toutes les informations soient toujours à jour. Nous vous invitons toutefois à vous informer par vous-même avant de prendre une décision finale.